対話不能の宇宙異生物・奇居子（ガウナ）に太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。 シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜながて）は、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろしずか）と急速に親密さを増してゆく。 衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学した長道は、初めて体験した複雑な人間関係に翻弄されつつも急速に成長してゆく！
